กองกำกับการ 2 กองบังคับการฝึกพิเศษ กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน มีโครงสร้าง ดังนี้
- งานธุรการ
- งานการฝึกและวิชาการ
- งานแผนงานและงบประมาณ
- งานการเงินและส่งกำลังบำรุง
- กองร้อยที่ 1
- หมวดรักษาความปลอดภัย
- หมวดสื่อสาร
- หมวดพื้นที่
- หมวดขนส่ง
- หมวดสูทกรรม
- กองร้อยที่ 2-5 (กองร้อยการฝึก)
- ชุดตรวจพิสูจน์เก็บกู้หรือทำลายวัตถุระเบิด
